Kelebihan metode prototyping yang paling utama adalah merupakan salah satu jenis metode pengembangan sistem yang sifatnya sangat cepat dan dapat menghemat waktu. Berbeda dengan pengembangan sistem menggunakan metode waterfall yang membutuhkan banyak biaya dan memakan waktu. Maka bagi user yang membutuhkan sebuah sistem dalam jangka waktu yang sangat singkat, bisa mengandalkan metode pengembangan sistem prototyping ini.
 metode prototyping juga memilki beberapa kelebihan lainnya, seperti:
- Dapat menjalin komunikasi yang baik antar user dan pengembang sistem
- Setiap perbaikan yang dilakukan pada prototype merupakan hasil masukan dari user yang akan menggunakan sistem tersebut, sehingga lebih reliabel
- User akan memberikan masukan terhadap sistem sesuai dengan kemauannya
- Menghemat waktu dalam mengembangkan sebuah sistem
- Menghemat biaya, terutama pada bagian analisa, karena hanya mencatat poin ΓÇô point penting saja
- Cocok digunakan pada sebuah sistem kecil, yang digunakan pada ruang lingkup tertentu, seperti sistem di dalam sebuah kantor
- Penerapan dari sistem yang menjadi lebih mudah untuk dilakukan.