Tantangan utama dalam proses integrasi data dari berbagai sumber yang berbeda adalah:
Tidak sesuainya data: Data dari berbagai sumber seringkali memiliki format, struktur, dan kualitas yang berbeda-beda, sehingga sulit untuk diintegrasikan. Sehingga bisa menyebabkan kesalahan dalam analisis.
Keamanan dan data yang pribadi: Data dari berbagai sumber dapat memiliki tingkat sensitivitas yang berbeda-beda. Integrasi data memerlukan langkah-langkah keamanan yang tepat untuk melindungi data sensitif guna memastikan data privasi tersebut.
Resistensi terhadap perubahan: Integrasi data seringkali memerlukan perubahan dalam proses dan sistem yang ada, yang dapat dihadapi dengan resistensi dari pengguna yang terbiasa dengan cara kerja lama.
Sistem integrasi data dapat meningkatkan pengambilan keputusan dalam sebuah organisasi  yang terintegrasi dan real-time dari berbagai sumber data. Dengan mengintegrasikan data, organisasi dapat mengidentifikasi pola dan tren, mendeteksi peluang, dan membuat keputusan yang lebih terinformasi. 
Contoh nyata seperti: Sebuah perusahaan ritel Chandra mengintegrasikan data dari  sistem penjualan, stock produk apa yang laris dan data pelanggan.