Hambatan dalam Pelaksanaan SOP organisasi:(a) Organisasi. Hambatan ini muncul akibat problem-problem yang ada kaitannya dengan manajemen organisasi, misalnya gaya kepemimpinan, struktur organisasi yang terlalu gemuk, alur koordinasi yang terlalu panjang dan rumit, tradisi organisasi yang kurang kondusif, dan lain sebagainya; (b) Operasional. Hambatan operasional muncul dari masalah semua operasional organisasi, problem operasional yang dimaksud bisa datang dari karakter konsumen, keterikatan organisasi dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku, budaya organisasi, dan kedewasaan organisasi tersebut; (c) Manajerial. Hambatan manajerial disebabkan oleh adanya perbedaan pandangan dari beberapa anggota manajemen dalam penyusunan serta penerapan SOP dalam unit kerja dari masing-masing departemen. Perusahaan atau organisasi kecil, umumnya tidak mengalami hambatan manajerial yang terlalu signifikan. Sebaliknya, organisasi besar, tentu memiliki peluang hambatan yang lebih besar.Contoh yang terkait dengan hambatan manajerial organisasi dapat berupa ketidak jelasan visi, misi, kebijakan organisasi, aturan dan tata terbit, tidak adanya kontrol secara konsisten dan berkelanjutan, serta tidak adanya dukungan yang maksimal dari pihak-pihak terkait; dan (d) Personal. Hambatan personal datangnya dari individu organisasi, karyawan, atau user yang tidak mau mendukung adanya SOP di dalam organisasi bahkan terang-terangan menyatakan penolakan.
Langkah-Langkah Mengatasi Hambatan /masalah Organisasi yaitu: Buatlah riset tentang keperluan peraturan perusahaan; Miliki komitmen bersama untuk menghindari adanya faktor ketidaksaamaan dan ketidaknyamanan proses pelaksanaan organisasi; Kenali kompleksitas individu dalam satu perusahaan. melibatkan sebuah tim untuk mengambil data dan melakukan analisa serta keputusan;d. Sesuaikan bentuk SOP yang ingin Anda tampilkan kepada seluruh karyawan agar mudah dipahami; Adakan diskusi terbuka maupun interview kepada beberapa karyawan untuk mengetahui visi, misi, dan hambatan mereka terkait kinerja; dan Lakukan uji coba sebelum melakukan pengesahan SOP. Setelah semua hambatan diminimalkan, maka pelaksaanaan SOP diterapkan di segala bidang yang terkait dengan sistem kinerja perusahaan, termasuk bagian keuangan.