Pengendalian manajemen pada organisasi jasa berbeda bila dibandingkandengan organisasi manufaktur. Hal ini disebabkan ketiadaan persediaan penyangga pada organisasi jasa, kesulitan mengukur kualitas, dan pada umumnya perusahaan jasa cenderung merupakan padat karya. Sistem pengendalian manajemen padaorganisasi jasa umumnya sama dengan system pengendalian manajemen padaorganisasi dagang.
Organisasi jasa secara umum memiliki beberapa karakteristik yaitu:ketiadaan persediaan penyangga, kesulitan dalam mengendalikan kualitas, padatkarya, dan organisasi multi-unit.
Organisasi jasa professional mamiliki karakteristik khusus: sasaran,professional, pengukuran input dan output, perusahaan kesil, dan pemasaran.Untuk sistem pengendalian manajemen menggunakan penentuan harga, pusat labadan penetapan harga transfer, perencanaan strategis dan penyusunan anggaran,pengendalian operasi, serta pengukuran dan penilaian kinerja.
Organisasi jasa keuangan memiliki karakteristik khusus: aktiva moneter, jangka waktu transaksi, imbalan dan resiko, serta teknologi. Organisasi perawatankesehatan memiliki karakteristik khusus: masalah sosial yang sulit, perubahandalam bauran penyedia layanan, pembayar pihak ketiga, profesional, danpentingnya pengendalian kualitas. Proses pengendalian manajemen dilakukandengan membandingkan kinerja keuangan dianalisis dengan pendapatan dan bebanaktual dengan anggaran, dengan mengidentifikasikan varians-varians penting, danmengambil tindakan yang sesuai atas varians-varians tersebut.
Organisasi nirlaba memiliki karakteristik khusus: ketiadaan ukuran laba,modal kontribusi, akuntansi dana, dan pengelolaan. Sistem pengendalianmanajemen yang diterapkan adalah penetapan harga produk, perencanaan strategisdan penyusunan anggaran, serta melakukan evaluasi dan operasi.